Bio-informaticien senior (H/F) (H/F)

Description de l'emploi

Limagrain est une coopérative agricole et un groupe semencier international détenus par 1 300 agriculteurs installés dans le Puy-de-Dôme en Auvergne. Présent dans 49 pays et rassemblant 9 335 collaborateurs, le Groupe sélectionne, produit et commercialise des semences de grandes cultures, des semences potagères et des produits agroalimentaires. Focalisé sur le progrès génétique des plantes, Limagrain est le quatrième semencier mondial.
Limagrain, leader mondial dans le domaine des semences et des produits céréaliers, recrute un(e) Bio-informaticien(ne) senior pour renforcer l’équipe Bio-informatique de sa Business Line LVS (Limagrain Vegetable Seeds). Intégrez un environnement international et dynamique au sein de LVS, n°1 mondial des semences potagères. Vous rejoindrez plus spécifiquement l’organisation Trait & Technologie, pour participer au développement des activités génomiques et bio-informatiques au service de l’amélioration variétale.
Au cœur de l’innovation génomique, l’équipe Bio-informatique joue un rôle clé dans l’exploitation des données génomiques pour comprendre les caractères phénotypiques, découvrir de nouveaux gènes et faire avancer la génétique moléculaire.
Grâce à des technologies de séquençage de pointe et des approches de biologie des systèmes, l’équipe développe en continu des méthodologies innovantes pour gérer, analyser et rendre accessibles les données génomiques (génomes, annotations, variations, expression).
En tant que Bio-informaticien(ne) senior, vous serez amené(e) à :
* Développer des outils et méthodologies pour les équipes Traits et Biotechnologies
* Assurer le maintien de ces outils, ainsi que la formation et le support aux utilisateurs via une plateforme Galaxy interne
* Participer à des projets d’analyse pangénomique et de découverte de gènes via des approches de biologie des systèmes
* Collaborer avec des équipes pluridisciplinaires (génétique, pathologie, génomique, biologie cellulaire) sur des approches de génétique inverse
* Réaliser une veille bibliographique et technologique
* Apporter un support local à l’équipe Génomique pour l’utilisation des ressources de calcul et la configuration de séquenceurs Oxford Nanopore
Ce que nous attendons de vous :
* Formation Bac +8 avec 5 ans d’expérience, ou Bac +5 avec 10 ans d’expérience en bio-informatique ou domaines associés
* Maîtrise des outils bio-informatiques pour l’analyse de données omiques
* Solides bases en génomique, transcriptomique, biologie moléculaire et biochimie, avec la capacité d’adapter les outils aux besoins d’utilisateurs non-spécialistes
* Expérience en pangénomique, réseaux de gènes et/ou interactions protéines-protéines
* Compétences en programmation (Python ou R), scripting (Bash) et développement d’outils selon les bonnes pratiques (Git, DevOps)
* Des connaissances en AI et Language Models seront un plus
* Maîtrise du calcul scientifique en environnement Unix
* Expérience souhaitée avec Galaxy et en création de workflows (Snakemake, Nextflow)
* Curiosité scientifique, veille active et aisance dans la communication avec les utilisateurs